O Yuzu é mais rápido, ainda mais agora que implementou multicore (Ryujinx também tem multicore, mas digo o boost recente que teve no Yuzu, deixando ele bem na frente), mas retiraram o suporte a escala de resolução já faz um tempo. Volta e meia o jogo tem mais glitches gráficos no Yuzu também.
Agora se quiser algo para jogar ao invés de só tirar foto, sem dúvidas o Yuzu é uma melhor opção.
É importante levar em conta que o Yuzu leva muito mais grana no Patreon do que o Ryujinx.
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